Жоғары оқу орнынан кейінгі білім беру бөлімі магистратурадан білім беру бағдарламалары бойынша оқу үдерісінің жұмыс істеуін және жетілдірілуін қамтамасыз ететін университеттің құрылымдық бөлімшесі болып табылады.
Жоғары оқу орнынан кейінгі білім беру бөлімінің миссиясы: жоғары білікті кәсіби практиктер мен ғылыми-педагогикалық кадрларды даярлау; басым салалардың талаптарын ескере отырып, Қазақстанда және әлемде бәсекеге қабілетті білім беру жүйесін құру.
Жоғары оқу орнынан кейінгі білім беру бөлімінің мақсаты: магистранттардың оқу, ғылыми-зерттеу және практикалық жұмыстарын үйлестіру, ғылыми-практикалық ынтымақтастықтың инновациялық бағыттарын жүзеге асыру, Халықаралық көліктік-гуманитарлық университетінің педагогикалық байланыстарын кеңейту, инженерлер мен менеджерлерді тарту.